Easymode: general pretrained networks for cellular cryo-ET enable flexible approaches to subtomogram averaging
本文介绍了Easymode,这是一个在超过4,000个倾斜序列上训练而成的预训练通用分割网络库,能够支持用于识别、提取和分析细胞冷冻电子断层成像中生物大分子的灵活且无需训练的 workflows,并通过测定IMPDH丝状体的4.0 Å原位结构及其细胞环境映射予以验证。
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分子生物学探索着生命的核心密码,揭示基因如何运作、蛋白质怎样构建以及细胞如何交流。这一领域不再只是实验室里的深奥理论,而是理解疾病、开发新药甚至解读自身健康的关键。在 Gist.Science,我们致力于打破学术壁垒,让这些前沿发现触手可及。
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本文介绍了Easymode,这是一个在超过4,000个倾斜序列上训练而成的预训练通用分割网络库,能够支持用于识别、提取和分析细胞冷冻电子断层成像中生物大分子的灵活且无需训练的 workflows,并通过测定IMPDH丝状体的4.0 Å原位结构及其细胞环境映射予以验证。
本研究证实,低剂量辐射诱导的人淋巴细胞适应性反应以时间依赖性和细胞类型特异性的方式显著降低初始DNA双链断裂信号(通过γH2AX灶点测量),且最大保护作用出现在预照射后15小时。
本文提出了一种通用的微流控策略,利用亲和标签直接从最小化裂解液或体外翻译体系中捕获并光洗脱蛋白质,从而在显著降低样品消耗和制备时间的同时实现高分辨率冷冻电镜结构解析,相较于传统工作流程具有显著优势。
本研究通过优化的 PhoX 交联质谱工作流程,为拟南芥提供了一个大规模的结构蛋白质组学资源,该资源鉴定了超过 52,000 对交联肽段,定义了数千种蛋白质 - 蛋白质相互作用,并为光系统、核糖体和组蛋白复合物等多种分子机器提供了残基水平的空间约束。
本研究证实,在狼疮小鼠模型中,胸主动脉血管周围脂肪组织经历了一种协调的分子重编程,其特征为干扰素驱动的炎症、线粒体生物能衰竭以及获得性的脂肪祖细胞分化障碍,这些因素共同推动了狼疮相关的血管病变。
本研究阐明了 PUF60 在小鼠干细胞存活和剪接调控中的关键作用,揭示其表达受细胞密度及一种新型 N 端磷酸化机制的严格调控,该机制影响蛋白质稳定性、定位以及潜在的癌症相关失调。
本研究在 RYR1 相关肌病患者中鉴定出一种独特的血浆 microRNA 特征,即 hsa-miR-4454 和 hsa-miR-7975 的表达量显著上调 39 倍,提示这些分子可作为该疾病的潜在生物标志物。
本研究证明,经工程化设计以模拟重症结核病灶中富含脂质且呈干酪样微环境的资源节约型体外检测,能够生成比传统方法更准确预测食蟹猴治疗结果的药物反应指标,从而建立一个可扩展的框架,用以优先筛选能够清除难治性病灶并缩短疗程的治疗方案。
本研究证明,RAD54L 解旋酶通过促进 FANC 缺陷细胞中新合成 DNA 的降解和放射状染色体的形成,从而促进高效的双链断裂修复,对链间交联修复至关重要。
本研究证实,吡哆醇补充剂通过增强残留酶活性并使鞘氨醇 -1-磷酸水平恢复正常,从而为 R222Q 变异型鞘氨醇磷酸裂解酶功能不足综合征提供治疗性保护,这一结论已通过临床观察以及一种疾病严重程度受膳食吡哆醇可用性调控的新型小鼠模型得到验证。